治疗扁平疣的药物包括（1）水杨酸，为治疗扁平疣最常见用的药物，可促进表皮的脱落，进而消除扁平疣；（2）0.05%到0.1%维A酸软膏，可以通过对细胞免疫、上皮细胞增殖的调节，对扁平疣起到治疗作用；（3）5-氟尿嘧啶软膏，面部慎用，因为可能遗留色素沉着；（4）干扰素可抑制病毒复制繁殖；（5）斑蝥素，可改善皮肤局部神经的营养，还有止痒的效果。发病期间或疾病治好后的一段时间内，应限制或禁食鱼、虾、蟹、螺蛳等，以及葱、蒜、辣椒、烟酒等刺激性食物，以免导致过敏反应，损害肌肤。