临床上治疗肛瘘炎可分为手术治疗和保守治疗，通常情况下，对于病情较轻的患者可以在医生的指导下使用1:5000的高锰酸钾坐浴，还可以使用甲硝唑进行保留灌肠，同时医生还会给予患者抗生素药物，对于疼痛剧烈的患者则会给予非甾体消炎药进行治疗。对于病情严重，肛周已经形成脓肿的患者，则需要及时行手术治疗，建议患者及时前往医院就诊，大多数患者及时治疗后预后情况良好。