首先，这两种疾病都是由人乳头瘤病毒感染引起的，它们主要的区别就是临床表现不一样。其中扁平疣的皮肤会有扁平丘疹，且多在颜面、手背和前臂等位置出现，通常会有皮色或者是褐色的表现，如果对患处进行搔抓，可以出现串珠样的改变。而寻常疣的皮肤会出现黄豆大小或者是更大的灰褐色、棕色、皮色的丘疹，且表面粗糙、质硬，可有乳头样增生的现象，一般在身体任何部位都能够发生。而在治疗上，扁平疣多是用药物治疗，而寻常疣主要是激光、冷冻等方式治疗。