小儿室间隔缺损可能是很多原因导致的：第一可能是在妊娠第二到八周的时候染色体易位或者是畸变导致的；第二可能是遗传因素导致的，可能是妈妈有先天性心脏病遗传给孩子，可能会导致小孩出现室间隔缺损的症状；第三可能是宫内感染导致的，如病毒感染、腮腺炎以及流行性感冒引起的；第四可能是妊娠期接触大剂量射线导致小儿出现室间隔缺损的症状；第五可能是怀孕期间母体使用某些药物从而导致孩子出现室间隔缺损的症状。