错构瘤的病因目前尚不十分明确，但是也可能会因为错构瘤的患病部位出现差距。若是患有肾错构瘤，其病因尚不十分明确，一般是因为遗传、x染色体基因突变等因素引起的。若是肺错构瘤，一般考虑与胚胎发育时期出现异常有关，会导致患者出现生长缓慢或者发展成瘤的情况。若是乳腺错构瘤，一般考虑是胚胎期乳腺组织发育异常导致，也可能是因为分娩或者绝经期等特殊时期女性体内激素变化引起的。