小儿肠炎一般是由于患儿发生细菌、病毒、真菌、寄生虫等病原体感染导致的。由于部分儿童的消化系统还没有发育完全，因此消化功能相对较弱，如果饮食不洁、或者暴饮暴食，都有可能引起消化道功能紊乱，一旦感染病原体就可能会诱发小儿肠炎。除此之外，免疫功能不完全也是诱发肠炎的重要因素。临床上常导致小儿肠炎的致病菌一般有轮状病毒、冠状病毒、大肠埃希菌、金黄色葡萄球菌、念珠菌、阿米巴原虫等。