盐酸万古霉素属于糖肽类抗生素，主要作用就是结合敏感性细菌细胞壁末端的丙氨酰丙氨酸，阻断细菌细胞系的高分子肽聚糖的合成，从而因为细胞壁的损伤而消灭细菌。同时，盐酸万古霉素还能抑制细胞膜的渗透性，可以选择性的合成RNA。尤其是抑制格兰阳性菌、金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌等。而且对厌氧链球菌、炭痘杆菌、牛链球菌、粪链球菌也有一定的抑制作用。但是，其不能作用于真菌、分歧杆菌。