患者用药治疗时，需要结合肠炎类型，选择抗生素，痢疾样腹泻患儿、出现了疑似霍乱并且有重度脱水的表现，以及合并了免疫缺陷病的宝宝，建议选择抗生素治疗，治疗时多建议建议选择喹诺酮类抗生素，如环丙沙星、诺氟沙星等去治疗，还可以用阿奇霉素治疗。四环素、磺胺类药物以及庆大霉素、第三代头孢菌素等药物，也是治疗急性肠炎常用药物。儿童患者用药时要避免选择一些毒性较大的药物。