CT和核磁共振在检查原理以及疾病的辅助检查等方面存在区别。CT主要是通过射线进行层面扫描，将光电转化为电信号后再输入计算机，可直接观察器官以及存在的病变；而核磁共振是利核磁共振的原理，将将构成物体的原子核位置以及种类进行绘制，形成机体内部的结构图像。CT检查一般运用于脑出血或缺血、脑部肿瘤、骨折以及胸部脏器、腹部脏器的部位已经病变程度等；核磁共振主要是检查颅脑疾病、脊髓、骨骼或软组织等疾病。