龟头流脓、小便刺痛首先考虑是淋病引起。淋病是感染淋病奈瑟菌引起尿道病变的一种疾病，可以通过性接触、间接的体液接触传播。除了淋病，一般的细菌性尿道炎没有及时治愈、发生化脓性感染以后也有可能会导致患者出现类似的症状。建议患者及时去医院完善尿常规、分泌物培养、血常规等检查，明确诊断。如果的确是淋病感染，患者需要及时应用抗生素类药物治疗，性伴侣也需要一同接受检查和治疗。