不当的使用益生菌后产生的副作用包括：1*使人体脏器负荷过重，严重扰乱肠道环境，导致机体出现腹痛、腹泻等不适的症状；2*对益生菌产生依赖性，下次在出现不适症状需要使用益生菌的时候疗效降低。但是益生菌是一种对宿主有益的活性微生物，若是适当的使用，可以调节宿主的免疫系统或是调节肠道内菌群平衡，促进机体对营养物质的消化与吸收，保护肠道粘膜屏障。