肛门囊肿并不一定必须做手术的。如果只是很小的肛门囊肿是可以先不进行手术治疗的，可以使用抗生素等消炎的药物进行治疗；并在日常生活中使用热水坐浴促进肛门局部血循环，清淡易消化饮食，保证良好的排便习惯，必要时可以使用泻药帮助排便，排便后注意清洁。但是如果肛门囊肿比较大，则必须通过手术将囊肿切开引流，引流后需要配合使用预防感染的药物、促进排便的药物来帮助伤口恢复。