蜂胶的副作用是肠胃不适，如恶心、呕吐、食欲下降等；部分人还会出现头痛、烦躁不安的症状。由于蜂胶中含有抗菌成分，虽然能调节肠道菌群，但也会损害肠道内有益的细菌，进而导致机体消化功能下降；同时考虑个人体质存在差异，部分人在食用蜂胶后会出现过敏的现象。另外，蜂胶在形成的过程中可能会被铅污染，食用过量后会出现铅中毒；对于哮喘疾病的患者是不能吃的，蜂胶的容易加重和诱发哮喘症状。