母乳性腹泻的典型症状即为患儿大便的性状及排便频率变化明显，首先大便呈稀泡沫黏液样，具有特殊的酸臭味，为黄色及微绿色，另外患儿的排便次数明显增多，可达每日10次至20次。此外，患者一般还可伴随出现腹胀、腹痛、呕吐等症状，且尿液的生成量也明显减少。如病情持续发展，则患儿还可因频繁腹泻导致水分、电解质过度流失形成电解质紊乱，此外因肠胃功能紊乱无法正常消化，患儿还可出现营养不良甚至贫血、佝偻病等。