女性月经已经40天还没有干净，通常考虑是子宫内膜脱落不干净引起的月经出血淋漓不尽导致。也有可能是患有妇科疾病导致的，如宫颈息肉、子宫内膜炎、子宫肌瘤、卵巢肿瘤等。如果有性生活没有采取避孕的措施考虑是妊娠引起的先兆流产、异位妊娠等因素导致的。也存在凝血功能异常的可能性。建议及时去医院进行止血的治疗，以免引起贫血，同时需要进行抽血检查HCG明确是否怀孕。如果排除怀孕还需要进行性激素六项等相关的检查，明确诊断。