肛瘘的术后并发症主要有以下几种：1、出血，肛门部位血管丰富，如果进行手术时，创面比较大，伤口比较深，会损伤较多的血管，引起出血，需要进行加压包扎止血。2、少部分患者在肛瘘手术后会发生尿潴留，可以通过热敷、按摩、针灸等方法来缓解症状，也可以直接进行导尿。3、可能出现感染，手术后要保持创面的清洁干燥，少吃辛辣刺激的食物，能够有效预防感染。4、可能会出现肛门狭窄，要进行扩肛治疗。5、如果手术中损伤了肛门，会导致肛门失禁。