半夜肛门坠痛的原因可能是由于肛肠疾病引起的，如直肠溃疡、痔疮、肛瘘、肛裂等，这些疾病会导致肛门损伤，从而引起疼痛不适的症状。还可能是由于消化道疾病引起的症状，如急性胃肠炎。如果饮食不当，进食过多辛辣刺激的食物，刺激肛周粘膜，导致肛门水肿疼痛不适的症状。此外不排除是由于直肠癌引起的。如果症状持续不能缓解，需要及时去医院进行胃肠镜检查，明确诊断病因。