胃窦充血水肿不一定会自愈。胃窦充血水肿一般提示出现炎症，如果是由于暴饮暴食、不饮不食、酗酒、熬夜等不良生活饮食习惯导致胃黏膜损伤，可以通过规律作息、饮食有常等生活习惯的调整来缓解疾病症状，甚至可以不治而愈。但是如果患者的表现症状是由于胃黏膜退行性病变、应激反应或者是局灶性高级别上皮内瘤变等因素导致，一般较难自愈，要服用铝碳酸镁、雷尼替丁等药物来保护胃黏膜、抑制胃酸分泌，必要时要进行手术治疗。