患有肛窦炎的情况下，建议患者根据病菌感染的类型选用甲硝唑、庆大霉素等药物进行抗感染治疗，有利于促进炎症消退。还需要使用高锰酸钾溶液进行温水坐浴，也可以采用生地、黄连、大黄、三七粉等中药进行熏蒸，具有活血化瘀、消肿止痛的功效，有利于促进病情恢复。平时一定要注意饮食清淡，并保持局部清洁卫生。治疗效果不佳或者是局部形成隐形瘘管，建议患者采取手术治疗。