阴茎流脓可能是尿道炎引起，如果确诊为淋菌性尿道炎，可以使用青霉素、大观霉素、头孢曲松等药物来治疗。如果是非淋菌性尿道炎，可以使用喹诺酮药物、大环内酯药物来治疗。其次阴茎流脓生殖器疱疹，这种疾病主要以早期、足量以及规则用药为原则，使用抗生素来治疗，同时还应携同伴侣一同进行检查和治疗，同时在完全治愈之前禁止同房，避免出现交叉感染的现象。