胃肠神经官能症的患者主要会出现饱腹感，即在进食少量食物后感觉胃部饱满、没有食欲。其次还会出现上腹疼痛或灼烧感；也可出现便秘或腹泻，甚至二者交替出现，大部分患者也会伴有腹痛症状，但是腹痛会在排泄后好转。部分症状严重的患者可影响正常生活和睡眠，出现失眠、抑郁、焦虑等症状。患者可针对病症，服用药物治疗缓解，精神症状严重的患者，可服用抗抑郁药物治疗。