女性在怀孕三个月的时候出现肚子痛的情况，可能是由于孕妇近期的饮食习惯较差、作息不规律，使胃肠道受到了明显的刺激，从而疼痛的现象。如果女性存在先兆流产的情况，也会引起腹部疼痛的现象。如果孕妇本身就存在胃部疾病，例如胃炎等，也容易引起肚子痛的现象。此外，也不排除出现了胚胎停育的情况。一般建议孕妇在出现肚子疼痛的现象时，及时前往正规的医院进行检查。