健康管理师新证是由用人单位和社会培训评价组织展开职业技能等级鉴定，2019年八月国务院发布《全国深化“放管服”改革优化营商环境电视电话会议重点任务分工方案》文件，其中第四条提出“大力清理简并种类过多、划分过细的资质资格许可事项，推动实现由用人单位和第三方机构(社会培训评价组织)开展职业技能等级认定、颁发职业技能等级证书.”，新版证书颁发单位：上文已经说了健康管理师(新证)这一职业技能等级证书是指由经人力资源社会保障部门备案的，用人单位和社会培训评价组织在备案职业(工种)范围内对劳动者实施职业技能考核评价所颁发的证书。 证书由评价机构独立印制并发放，政府部门不参与监制。

旧版健康管理师证书是由国家卫生健康委员会和人力资源和社会保障部联合颁发的，但是在2020年进行了证书改革，改为职业技能等级认定，不再是国家统一考试，而是各地区有鉴定资质的认证机构分别负责 。