食品质量管理师证书是由国家食品药品监督管理总局颁发的，该部门负责全国范围内的食品安全监管工作，食品质量管理师证书是国家承认的专业资格证书，具有很高的权威性和含金量，获得食品质量管理师证书的人员，需要具备一定的专业知识和实践经验，通过严格的考试和培训才能取得。

食品质量管理师证书的发放主要由以下几个部门负责：

1、国家食品药品监督管理总局(CFDA):作为国务院直属部门，CFDA负责制定和实施食品安全法律法规，对食品生产企业进行监管，确保食品安全，CFDA下设多个局和处室，其中食品生产监管处负责食品生产许可证的审批和管理，包括食品质量管理师证书的发放。

2、各省、自治区、直辖市食品药品监督管理局：各级食品药品监督管理局在CFDA的指导下，负责本行政区域内的食品安全监管工作，各级食药监局下设多个科室，其中食品生产监管科负责本行政区域内食品生产许可证的审批和管理，包括食品质量管理师证书的发放。

3、行业协会和专业机构：为了提高食品质量管理师的专业水平，中国食品工业协会、中国质量认证中心等行业协会和专业机构会定期举办培训班，对学员进行系统的培训和考核，通过培训和考核合格的学员，可以获得食品质量管理师证书，这些协会和机构在发放证书时，需要遵循相关法律法规和标准要求，确保证书的真实性和有效性。

4、企业和培训机构：企业可以根据自身需求，与有资质的培训机构合作，开展食品质量管理师培训，培训结束后，企业可以组织员工参加考试，考试合格的员工，可以获得食品质量管理师证书，这些企业和培训机构在发放证书时，需要遵循相关法律法规和标准要求，确保证书的真实性和有效性。

食品质量管理师证书的发放涉及多个部门和机构，需要遵循相关法律法规和标准要求，确保证书的真实性和有效性，食品生产企业和从业人员应不断提高自身的专业素质和技能，为保障食品安全做出贡献。