中医针灸师证办理机构主要分为两类：一类是政府部门，如卫生部门、中医药管理部门等；另一类是专门的培训机构和学校，以下是一些常见的中医针灸师证办理机构：

1、卫生部门：各级卫生行政部门负责管理和监督本地区的中医药工作，包括中医针灸师的培训、考试和证书颁发，在卫生部门办理中医针灸师证，需要参加相关的培训课程，通过考试后，由卫生部门颁发证书。

2、中医药管理部门：各级中医药管理部门负责制定和实施本地区的中医药发展规划，推动中医药事业的发展，在中医药管理部门办理中医针灸师证，需要参加相关的培训课程，通过考试后，由中医药管理部门颁发证书。

3、中医药行业协会：各地的中医药行业协会作为行业组织，负责组织和管理本地区的中医药活动，包括中医针灸师的培训、考试和证书颁发，在中医药行业协会办理中医针灸师证，需要参加相关的培训课程，通过考试后，由中医药行业协会颁发证书。

4、职业培训机构：一些专业的职业培训机构提供中医针灸师培训课程，学员在完成培训后可以参加考试，通过考试后获得中医针灸师证书，这些机构包括一些知名的中医药培训机构，如中华中医药学会职业能力鉴定中心、中国中医科学院职业技能鉴定所等。

5、学校：一些高等院校和职业技术学校开设中医针灸专业或相关专业课程，培养具备一定理论知识和实践技能的中医针灸师，学生在完成学业后可以参加相应的考试，通过考试后获得中医针灸师证书，这些学校包括北京中医药大学、上海中医药大学、广州中医药大学等。

6、其他机构：除了以上提到的单位外，还有一些其他机构也提供中医针灸师证办理服务，如一些民间中医针灸师协会、社区卫生服务中心等，在这些机构办理中医针灸师证，可能需要满足一定的条件和要求，具体请咨询相关机构。

办理中医针灸师证需要选择合适的办理机构，参加相关的培训课程和考试，在选择办理机构时，建议考虑以下几个方面：一是机构的资质和声誉；二是培训课程的质量和内容；三是师资力量和教学设施；四是证书的权威性和认可度，通过综合考虑这些因素，选择一个适合自己的办理机构，才能顺利获得中医针灸师证书，为自己的职业生涯打下坚实的基础。