中医针灸师证办理机构主要分布在全国各地，包括北京、上海、广州、深圳、成都、重庆、杭州、武汉等一线城市，以及二线、三线城市，以下是一些主要的办理机构和需要办理的地方：

1、北京中医药大学继续教育学院：位于北京市海淀区中关村南大街5号，是全国最早设立的中医药继续教育基地之一，负责中医针灸师的培训和证书颁发。

2、上海中医药大学继续教育学院：位于上海市杨浦区国定东路100号，也是全国知名的中医药继续教育基地，负责中医针灸师的培训和证书颁发。

3、广州中医药大学继续教育学院：位于广州市越秀区中山二路19号，同样是全国知名的中医药继续教育基地，负责中医针灸师的培训和证书颁发。

4、深圳市中医院：位于深圳市福田区福华路3号，是广东省内知名的中医药机构，提供中医针灸师的培训和证书颁发。

5、成都市中医药大学附属医院：位于成都市青羊区一环路西一段24号，是四川省内知名的中医药机构，提供中医针灸师的培训和证书颁发。

6、重庆市中医院：位于重庆市渝北区新溉大道139号，是重庆市内知名的中医药机构，提供中医针灸师的培训和证书颁发。

7、杭州市中医院：位于杭州市上城区庆春路79号，是浙江省内知名的中医药机构，提供中医针灸师的培训和证书颁发。

8、武汉市中医院：位于武汉市武昌区东湖路1号，是湖北省内知名的中医药机构，提供中医针灸师的培训和证书颁发。

还有一些其他地方的中医药机构也提供中医针灸师的培训和证书颁发，如西安交通大学医学院附属汉江医院、南京中医药大学附属医院、济南中医药大学附属医院等。

需要注意的是，不同的办理机构可能有不同的报名条件和考试要求，建议在报名前详细了解相关信息，由于中医针灸师证书的含金量较高，市场上可能存在一些非法培训机构或个人冒充官方机构进行虚假宣传，因此在选择办理机构时务必要慎重，尽量选择正规、有资质的机构进行报名。