中医针灸理疗师证书的发放部门有很多，其中包括国家中医药管理局、各省市卫生局等，不同的部门对于中医针灸理疗师证书的发放有着不同的规定和要求，因此哪个部门发证好一点需要根据具体情况而定。

如果你想在医院工作，那么国家中医药管理局颁发的中医针灸理疗师证书可能更有优势，因为这个证书是经过国家认证的，具有较高的权威性和可信度，国家中医药管理局还会对中医针灸理疗师进行定期培训和考核，以确保其专业水平和技能达到一定的标准。

如果你想自己开设诊所或者从事私人医疗服务，那么各省市卫生局颁发的中医针灸理疗师证书可能更适合你，因为这些地方对于中医针灸理疗师的管理相对较松，而且颁发证书的流程也比较简单快捷，但是需要注意的是，这些地方颁发的证书可能没有国家中医药管理局颁发的证书具有权威性和可信度高。

无论选择哪个部门颁发的中医针灸理疗师证书，都需要考虑自己的实际情况和需求，并仔细了解该证书所包含的内容和要求，还需要不断学习和提高自己的专业水平和技能，以更好地服务于患者。