中医针灸理疗师证书的颁发主要由各省、自治区、直辖市的卫生健康委员会进行统一管理，以下是一些具体的颁发机构和程序：

1、卫生健康委员会：各省、自治区、直辖市的卫生健康委员会负责本地区的中医针灸理疗师证书的颁发工作，他们会定期组织培训和考试，以确保中医针灸理疗师具备相应的专业知识和技能。

2、中医药管理局：中医药管理局是国家卫生健康委员会的直属单位，负责全国范围内的中医药管理工作，中医药管理局也会参与中医针灸理疗师证书的颁发工作，对培训机构和考试内容进行监督和指导。

3、专业协会：各地的中医针灸专业协会也会参与中医针灸理疗师证书的颁发工作，这些协会通常会与卫生健康委员会和中医药管理局合作，共同制定培训大纲和考试标准，以确保证书的权威性和可信度。

4、培训机构：为了保证中医针灸理疗师的专业素质，各省、自治区、直辖市的卫生健康委员会通常会授权一些专业的培训机构进行培训，这些培训机构需要具备一定的资质和师资力量，才能获得颁发中医针灸理疗师证书的资格。

5、考试流程：中医针灸理疗师证书的考试通常分为理论考试和实践操作考试两部分，理论考试主要测试考生的中医药学、针灸学等基础知识；实践操作考试则主要测试考生的实际操作能力和技术水平，考试合格后，考生可以申请领取中医针灸理疗师证书。

6、证书有效期：中医针灸理疗师证书一般具有较长的有效期，一般在5年到10年之间，过期后，考生需要重新参加培训和考试，方可继续从事中医针灸理疗工作。

中医针灸理疗师证书的颁发涉及到多个部门和机构的协同合作，旨在确保中医针灸理疗行业的专业化和规范化发展，对于有意成为中医针灸理疗师的人员来说，了解相关的颁发机构和程序是非常重要的，有助于提高自己的专业素质和竞争力。