宝宝三个月体检可以进行基础体格检查，包括体重、身高、头臀长、头围、腹围、胸围、上臂围、前囟门闭合情况、心音、皮肤和巩膜颜色、口腔检查、触诊等。还应该检查神经系统反应情况，判断宝宝是否有异常反应，判断行为能力、被动肌张力、主动肌张力等是否达标，能及早发现脑损伤。进行运动发育检查，了解发育情况是否落后于同龄人。必要时还可以抽血化验，进行血常规检查、血沉检查、肝功能检查等。