3个月婴儿吃母乳便秘的处理方法有：1、可能是宝宝胃肠道功能发育不完全或者消化功能不太好导致的便秘，生活中在喂奶前后可以给宝宝多喂一些温开水；2、可以适当的给宝宝做一些腹部的按摩，从上往下，从左往右转圈式按摩，从而促进宝宝的胃肠道蠕动，促进消化；3、妈妈生活中饮食上要注意，多食用一些新鲜的蔬菜水果以及一些易消化的食物；4、如宝宝长时间未好转，及时入院就诊，查明原因，尽快治疗等。