如果胎儿伴有肾囊肿，一般是选择进行终止妊娠治疗的，患者可以服用流产的药物或者是人流手术，若是在怀孕的中期，那就要选择引产手术。不过具体治疗方案还是要根据囊肿的位置、个数以及严重程度，若是单纯性的囊肿，而且离分娩的时间也比较近了，孕妇就可以选择继续妊娠，平时要定期去医院复查，若胎儿的肾脏功能已经明显破坏了，胎儿即使生下来，也会出现肾脏功能衰竭的情况。