新生儿肠炎应该及时去医院检查引发肠炎的病因，细菌感染的小儿需使用抗生素治疗如头孢曲松等，病毒感染引起的一般采取对症治疗，同时口服止泻药物，如蒙脱石散等，如果腹泻次数过度要及时给小孩补液，以免发生脱水的情况。如果是寄生虫感染引起的，要使用抗寄生虫的药物。治疗期间应该对小孩的餐具进行消毒，保持孩子身体卫生清洁。尽量选择母乳喂养，能够提高小孩的抗病能力。