如果正处于肛瘘的间歇期，患者一般不会出现不适症状，此时不需要进行特殊的治疗。处于疾病急性期时，可能会出现流脓以及头痛等症状，可以先使用高锰酸钾溶液来坐浴，然后遵医嘱涂抹抗生素软膏来治疗。如果患者出现药物治疗效果不佳的现象，则要进行手术治疗，手术包括肛瘘切开术、挂线疗法、肛瘘切除术等。治疗期间还应养成良好的饮食习惯，避免过多食用辛辣刺激的食物，多吃瓜果蔬菜。