做无痛肠镜检查是有一定伤害的，但发生率很低。因为做无痛肠镜检查需要对患者用药，控制其中枢神经使其处于安静、注意力低下的状态，提升患者耐受能力，以及降低其可能会产生的不适感。但如果患者本身患有肠糜烂溃疡、肠癌等疾病，在做肠镜检查时就可能导致划伤肠子，或出现穿孔现象。一般发生肠穿孔后，需要立即进行手术治疗。通常医生在做检查时会尽量避免可能发生的风险，做完后患者可能会有腹胀、腹痛以及不舒服表现，建议家属密切观察。