细菌性慢性肠炎可以在医生的指导下口服抗菌药进行治疗，常用的药物有复方磺胺甲恶唑片、盐酸左氧氟沙星胶囊等，如果患者出现腹泻的症状可以口服地衣芽孢杆菌活菌胶囊进行治疗，也可以适当的补充淡盐水，以免出现电解质紊乱的症状，伴有胃酸分泌增多着可以口服雷贝拉唑钠肠溶片、奥美拉唑肠溶胶囊等，也可以配合口服硫糖铝咀嚼片、胶体果胶铋胶囊进行治疗，胃疼发作是可以口服硫酸阿托品片等。