引起侏儒症的病因有很多，首先与先天性基因遗传因素有着很大的关系，例如先天性卵巢发育不良症、猫叫综合症以及21一三体综合征等染色体异常疾病，包括患有肝糖原累积症等先天性酶代谢缺陷等疾病，会引起侏儒症的发生。其次，患有克汀病、垂体性侏儒症等内分泌障碍疾病，也是引起侏儒症发生的重要病因。另外，长期大量的应用肾上腺皮质激素，也很容易引起侏儒症。