对于不侵犯指甲角质层及甲板的灰指甲，且病甲较数量较少（1至2个病甲）或口服药有禁忌或患者不宜口服药的（如孕妇，患者患有肝、肾等疾病）等类型可以局部外用药治疗，如萘替芳凝胶、5%阿莫罗芬搽剂涂抹患处。对于病程较长，且真菌侵犯了甲母造成了甲板分层断裂的患者，一般可以服用口服真菌药治疗。如氟康唑胶囊、盐酸特比萘芬片等。如灰指甲已经造成了患者严重的甲床皮肤角质层损伤，病甲颜色呈黑紫色，可考虑手术拔甲治疗。