子宫内膜异位症有可能会导致癌变，但是发生癌变的可能性比较小。治疗需要根据病灶所处的位置不同，分为三种情况，在卵巢出现的子宫内膜属于巧克力囊肿。在子宫肌层出现的疾病称为子宫腺肌症，在盆腔其他部位出现的病变，会有深部异位结节形成。巧克力囊肿癌变的可能性在0.5%左右，第二种情况一般是不会癌变的，而深部结节发生癌变的可能性更低，在0.01%以下。