孕囊小于1cm是可以药物流产的，但是在药物流产前，患者需要去当地正规的医院进行彩超检查来明确宫内早孕。如果彩超显示宫内无回声暗区，则说明目前还不能够确定宫内早孕，患者需要观察7天左右时间再进行彩超检查，必须要诊断是宫内早孕才能够进行药物流产。另外，患者可以在医生的指导下服用米索前列醇以及米非司酮药物来终止妊娠，同时需要注意药物流产尽量不要超过怀孕49天，以免出现不良反应。