输尿管软镜取石的风险是输尿管穿孔，如果在手术中操作不当，引起结石嵌顿，会增加输尿管穿孔的风险；还可能会出现水中毒的现象，因为在进行手术时需要持续性冲水，可能会出现全身代谢性反应。此外还可能会引起输尿管的撕脱、术后感染、结石残留、术后出血等风险。在进行输尿管软镜治疗肾结石后，需要在医生的指导下使用抗生素进行抗感染治疗，还需要多喝水，促进碎石的排出。