苏合香丸的主要功效是行气止痛、开窍醒脑，可以用于中风、突然昏倒等病症的治疗；还可以和胃，能够缓解慢性胃炎、胃溃疡等胃肠道疾病引起的胃胀、胃痛等不良的现象；此外苏合香丸具有开郁豁痰的功效，可以治疗肺结核、肺脓肿、支气管炎等呼吸道疾病的治疗。此外在临床上苏合香丸还能辅助治疗颌下腺结石症、冠心病、胆道蛔虫症、过敏性鼻炎、三叉神经痛等疾病。