霉菌性尿道炎主要以使用局部药物治疗为主，例如用两性霉素B和蒸馏水混合然后注入尿道内，如果患者症状严重，单靠局部用药治疗无法改善，这时需要进行全身治疗，例如静脉滴注两性霉素B等。其次，如果霉菌大面积繁殖扩散，不仅仅使尿道出现感染，膀胱、肛门也出现感染，可以服用一些碱化尿液的药物来抑制霉菌繁殖。治疗期间一定不能进行性生活，同时需要多进行体育锻炼，提高身体免疫能力。