多个卵巢囊肿的治疗方法包括1.肌瘤较小、无症状者，一般使用期待疗法，以观察为主，遵医嘱定期进行复查；2.内膜样囊肿，可以囗服短效避孕药；3.炎症性囊肿，可使用抗生素和活血化瘀的药物；4.手术治疗，输卵管卵巢切除术适用于年龄比较大的女性；卵巢囊肿切除术适用于绝经前比较年轻的患者；腹腔镜手术适用于囊肿较小的患者。经过治疗后，需两到三个月复诊一次，观察恢复情况。