肝癌与肝细胞癌首先可以从疾病的原发部位进行区别，例如肝癌可能原发于肝细胞、肝脏上皮、肝脏间叶组织等部位，而肝细胞癌的原发部位即为肝细胞。其次，可以从病理类型进行区别，肝癌具有肝细胞癌、肝混合癌以及胆管上皮癌等类型，而肝细胞癌仅有一种类型。也可以从检查结果进行区分，肝癌的影像学检查可能并不会观察到甲胎蛋白的异常，而肝细胞癌的影像学检查甲胎蛋白大多会显著升高。