抗结核药物的副作用较多，具体的副作用要视药物的类型而定。其中多数的抗结核药物具有损害肝功能的副作用，如利福平、吡嗪酰胺、利福喷丁等，而异烟肼的副作用主要是有可能引起周围神经炎、肠胃消化道反应等。乙胺丁醇的副作用主要是会引起视神经炎、关节肿痛或畏寒等症状；此外，链霉素的副作用在于会导致患者的听觉神经出现障碍，引起耳鸣、听力下降甚至失聪等症状，还会造成肾功能的损害。