功能性消化不良患者可以在医生指导下服用莫沙必利、多潘立酮等胃动力药物进行治疗。患者还可以服用消化酶制剂进行辅助治疗 ，改善进餐后腹胀的症状。患者平时应养成良好的饮食习惯，避免暴饮暴食。平时应食用清淡易消化的食物，可以做腹部推拿按摩，促进肠道蠕动，减轻症状。如若患者幽门螺杆菌感染，需要遵医嘱使用质子泵抑制剂、铋剂以及两种抗生素进行联合治疗。