肠胃功能紊乱的患者在进行治疗时要注意以患者症状、提高患者生活质量为主。在进行治疗时，需要遵医嘱服用莫沙必利、多潘立酮等帮助肠道蠕动、促消化的药物；还可以通过选择质子泵抑制剂或是H2受体拮抗剂去控制胃酸的分泌，还需要通过服用曲美布汀类药物，去帮助肠道运动。服用益生菌可以有减轻内脏高敏性的效果。若是有幽门螺旋杆菌感染，需要服用药物去进行抗感染治疗。