小儿病毒性软疣主要以疣体夹除术治疗为主，需要先进行皮肤消毒，将软疣夹破后挤出里面的内容物，降低感染的可能性。如果局部软疣的体积较大，还可以进行切除术治疗。不能进行手术者，可以使用15%到20%的水杨酸制剂以及西多福韦药物来治疗。小儿病毒性软疣也可以入院进行物理治疗，比如液氮冷冻治疗、透热疗法、电灼治疗以及激光治疗等。治疗期间应保持皮肤清洁干燥，避免抓挠皮肤。