怀孕40天药物能否流干净需要因人而异。建议在服药后的7-10左右去医院进行彩超检查，可以了解宫腔的情况。如果宫腔内有出现异常或者是阴道出血比较多，则说明药物没有流干净，需要进行清宫手术。另外，由于患者对米非司酮和米索前列醇的反应不同，所以药物流产是否能够流干净，需要因人而异。大部分女性在服用米非司酮和米索前列醇后，都能药流干净，只有少部分女性会出现药物流产失败或者是药流不全的情况。