3厘米的卵巢囊肿一般不会影响怀孕。卵巢囊肿是指发生在卵巢内部或者表面的囊状结构，大部分患者不会出现明显的不适症状，如果囊肿的体积没有超过5厘米，也不会影响卵巢的排卵功能，可以正常备孕、怀孕。患者备孕和怀孕期间应该注意休息，避免进行剧烈运动，防止囊肿扭转或者破裂，从而出现剧烈腹痛、出血等严重情况。如果囊肿的生长速度过快，则需要加以重视，必要时进行手术治疗。